对处于免疫耐受期的乙肝病毒携带者，我国的《慢性乙型肝炎防治指南》是不主张治疗的。
如果转氨酶升高、身体感觉倦乏或食欲下降，身体可能正处于免疫清除期。这时如果病毒占上风就会发病，如果是清除力占上风就可以取得较好的治疗效果，所以乙肝病毒携带者需要抓住免疫清除期进行治疗。
保肝、护肝、降酶——这些非抗病毒的乙肝治疗方法其实是治标不治本，仅仅可作为辅助治疗之用。
正规的抗病毒治疗只有两类药物：干扰素α和核苷类似物，各有优缺点。患者应根据自己的实际情况，例如年龄、感染期长短、生育与否、经济情况等来进行选择使用。
适合干扰素抗病毒治疗的人群有：转氨酶异常尤其是高于正常值2－10倍者；免疫清除期患者（青少年时期）；不希望长期用药者如儿童、学生，尤其是生育期妇女应以干扰素为首。但是，干扰素也有缺点，例如用药不方便，费用也比较高，副作用也比较大等，不适合工作压力大的患者使用。
相对于干扰素，核苷类药物是直接的口服药，比较方便，适合正在上学的学生和经常需要出差的人使用。但是核苷类有个缺点，就是停药后会反弹，而且疗程不确定，容易出现耐药性。所以治疗的关键不是哪种治疗方法最好，而是哪种治疗方法更适合，原则是根据指南和个体化相结合。
对于没有症状的乙肝病毒携带者，要做到以下3点：
1、忌饮酒，夏天很多人喜欢喝啤酒。中医学认为，“酒为火热之食，损伤肝阴”，但无论啤酒如何冰镇，都如同“火上浇油”；
2、日常生活中，要避免过度操劳。夏季昼长夜短，年轻人经常熬夜、睡眠不足，就会引起肝脏血流的相对不足，使原来已受损的肝细胞难于修复并加剧恶化；
3、定期（每半年一次）随访，通过监测，抓住病毒活动期进行治疗。
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